1．适时筛选
经过2个月的饲养，锦鲤鱼苗可以达到3～5厘米长度，各品系鱼的体色和图案基本明显，经过筛选分级即可进入鱼种培育期。
锦鲤就其色彩图案而论，是一种极不稳定、变异性很大的品种，同一亲鱼的子代中优劣各异，通常只有0.08％左右的上品鱼(A级鱼)，其余的作为商品鱼或垃圾鱼可随时出售或淘汰，
因此，选育工作对于锦鲤培育至关重要。鱼苗筛选前必须掌握各种锦鲤的特征，并了解锦鲤亲本的性状；选育时主要着眼于鱼的姿态和色彩，其中色彩的判断则是养殖者长期积累的经验，参考的重要依据是鱼体色素细胞出现的先后，以及不同色素细胞在鱼体不同部位的分布，以判断该鱼未来可能形成的色彩及图案。
简单的做法是：在选择健康鱼苗的基础上，根据锦鲤品系标准挑选特征明显、色泽鲜艳，无杂斑的鱼苗进入下一阶段养殖。
2．分级饲养
在苗种培育及养殖过程中，为减小生产水面负荷、提高单位面积的产值及降低生产成本，同时保证优质鱼的生长速度，应对**次筛选后的鱼种进行分级饲养：即将A、B级优质锦鲤与c级锦鲤分塘养殖，均可搭配其他鱼种，进行混养。
分级饲养的放养密度分别为： A、B级每亩放养250尾，C级每亩放养500尾，D级亩放800～1000尾，均可搭配鲢，鳙鱼种，亩放200尾。
